W odniesieniu do projektów związanych z termomodernizacją obiektów użyteczności publicznej zachodzą poważne wątpliwości dotyczące posiadania przez samorządy prawa do odliczenia podatku naliczonego. Sprawa jest o tyle istotna, gdyż kwestia ta bezpośrednio rzutuje na charakter VAT jako wydatku kwalifikowalnego w ramach realizowanych przez samorządy projektów, które korzystają z dofinansowania ze środków unijnych.

Na wstępie należy przypomnieć, że w wyniku centralizacji rozliczeń większość jednostek budżetowych uzyskała prawo do odliczenia podatku naliczonego. Jednostki utraciły bowiem status niezależnych podatników zwolnionych podmiotowo z VAT i stały się podatnikami VAT czynnymi (w ramach ich macierzystych JST). Jednocześnie, prawo do odliczenia po stronie jednostek organizacyjnych bardzo często jest niewielkie i oscyluje w granicach kilku procent. Tak niski zakres odliczenia wynika z konieczności stosowania sposobu określenia proporcji, czyli tzw. prewspółczynnika.

Pomimo nieznacznej wartości prewspółczynnika trudno byłoby jednak stwierdzić, że prawa do odliczenia brak. Po prostu, niewielki prewspółczynnik wynika z niewielkiego stopnia wykorzystania majątku do działalności opodatkowanej VAT, przy równoczesnym znacznym jego wykorzystaniu do nieodpłatnych działań publicznych. Nie zmienia to jednak faktu, że tak jak wspomniano, niewielkie prawo do odliczenia występuje.

Problem uwidacznia się w momencie gdy np. budynek szkoły ma być poddany termomodernizacji. Pojawia się wówczas pytanie czy w związku z taką inwestycją wystąpi prawo do odliczenia podatku naliczonego i czy w związku z tym VAT można uznać za wydatek kwalifikowalny w projekcie?

Analiza przepisów ustawy o VAT skłania do stwierdzenia, że w przypadku wyliczenia przez jednostkę budżetową prewspółczynnika w wysokości 6% (przykładowo), podatek VAT naliczony jest częściowo odliczalny. W związku z tym, w takiej sytuacji, nie sposób uznać tego podatku za wydatek w pełni kwalifikowalny w ramach realizowanego projektu.

Odmienne stanowiska zajmują jednak w niektórych przypadkach organy podatkowe.

W interpretacjach z dnia 10.11.2017 r. (sygn. 0111-KDIB3-2.4012.557.2017.1.AR) oraz z 17.06.2016 r. (sygn. IBPP3/4512-151/16/EJ) organ uznał, że z uwagi na niewielki stopień wykorzystania budynku szkoły do działalności opodatkowanej VAT (np. najem pomieszczeń i dachu budynku, odpłatne udostępnianie sali sportowej), prawo do odliczenia nie występuje. Organ w szczególności wskazał, że zachodzący związek wydatków na termomodernizację z działalnością opodatkowaną jest jedynie pośredni, nieuchwytny i marginalny. W takim stanie rzeczy związek ten nie może skutkować powstaniem prawa do odliczenia.

Zaprezentowane rozstrzygnięcia wydają się co prawda korzystne dla JST, tym niemniej należy je ocenić za bardzo kontrowersyjne. Wzorowanie się przez samorządy na tych stanowiskach – przy braku własnej interpretacji podatkowej – będzie z kolei bardzo ryzykowne.

Należałoby zatem stwierdzić, że przedstawione interpretacje stanowią swego rodzaju wskazówkę, w jaki sposób można postąpić. Zastosowanie rozwiązania wzorowanego na przytoczonych interpretacjach we własnej sprawie będzie jednak uzasadnione w przypadku uzyskania własnej interpretacji. Jak bowiem pokazały lata poprzednie, interpretacje podatkowe bardzo często się zmieniają. Z kolei przy projektach dofinansowanych ze środków unijnych istotną rolę – w szczególności w kontekście relacji z instytucją udzielającą wsparcia – odgrywa bezpieczeństwo prawne.